Vuoden 1944 lokakuun loppupuolella alkoivat liikkua sitkeät huhut suojeluskuntajärjestön lakkauttamisesta. Sisälsihän Suomen ja Neuvostoliiton välillä 19.9.1944 allekirjoitettu välirauhansopimus kohdan, jonka arveltiin tarkoittavan suojeluskunta- ja Lotta Svärd-järjestöjen lakkauttamista.

Varsinais-Suomessakin oli pohdiskeltu välirauhansopimuksen suojeluskuntajärjestölle mahdollisesti aiheuttamia seuraamuksia. Näin tultiin siihen johtopäätökseen, että ainakin jonkinasteinen toimenkuvan ja organisaation muutos on ennen pitkää tulossa.

Suojeluskuntapiiriin valittu esikunta kutsui koolle piirin edustajakokouksen 31.10.1944. Kokouksen alkaessa oli juuri saatu tietää valvontakomission vaatimus järjestön lakkauttamisesta. Sen seurauksena tehtiin edustajakokoukselle esitys sellaisesta taloudellisesta järjestelystä, jossa piirin koko omaisuus siirrettiin Varsinais-Suomen Suojeluskuntapiirin Kannatusyhdistys ry:n haltuun. Kannatusyhdistyksen piirissä todettiin, että jos suojeluskuntapiiri lakkautetaan, ei yhdistyksellä ole tukemisen kohdetta ja yhdistyskin on lakkautettava. Nyt oli nopeasti löydettävä kohde, mihin omaisuus sijoitetaan. Kohde oli löydettävä olemassa olevien yhdistysten joukosta.

Järjestelyissä päädyttiin Varsinais-Suomen Maakuntaliitto ry-nimiseen yhdistykseen, jonka johdossa suojeluskuntalaisilla oli merkittävä osuus. Neuvottelut johtivat nopeasti tulokseen. Kiire asiassa olikin, sillä 6.11.1944 jälkeen tapahtuneita omaisuusjärjestelyjä ei sallittu. Sen jälkeen suojeluskuntien hallussa ollut omaisuus jouduttiin luovuttamaan Lakkautettujen suojeluskuntien pesänselvityskomitean kautta valtiolle.

Varsinais-Suomen Suojeluskuntapiirin Kannatusyhdistys lakkautti itsensä sääntöjensä mukaisesti ja sääntöjen edellyttämiä muotoja noudattaen koko omaisuus luovutettiin Varsinais-Suomen Maakuntaliitto ry:lle. Samalla esitettiin toivomus, että vastaanottaja perustaisi varoja hoitamaan erillisen säätiön.

Maakuntaliitto otti lahjoituksen vastaan ja ryhtyi välittömästi toimiin esitetyn säätiön perustamiseksi. Oikeusministeriö vahvisti 28.11.1944 tehdyn esityksen perusteella ”Varsinais-Suomen Maakuntaliiton Säätiön” säännöt. Säätiö perustava kokous pidettiin Turussa joulukuun 2. päivänä 1944.

Maakuntaliiton Säätiön yhteiselo Maakuntaliiton kanssa kesti lähes kolmekymmentä vuotta. 1970-luvun alkupuolella heräsi säätiön hallituksen piirissä ajatus itsenäistymisestä. Itsenäistymällä katsottiin voitavan saavuttaa suurempi varmuus siitä, että säätiön varoja käytetään kaikissa olosuhteissa lahjoittajien alkuperäisten tarkoitusten edellyttämällä tavalla.

Oikeusministeriö hyväksyi säätiön säännöt ja vahvisti sen nimeksi Varsinais-Suomen Maakuntasäätiö 31.5.1974.

Ensimmäisten vuosikymmenien aikana avustusvarat suunnattiin pääasiassa Maakuntaliitolle ja sen välityksellä sääntöjen tarkoittamiin kohteisiin. Maakuntasäätiön itsenäistymisen jälkeen pääosa vuosittaisista avustuksista on suunnattu reserviupseerien ja reserviläisten Varsinais-Suomen piireille sekä sotaveteraani- ja partiotoimintaan. Lisäksi säätiö on tukenut kerta-avutuksina lounaissuomalaisten sodanajan joukko-osastojen muistomerkki- ja historiahankkeita.